【令和8年9月施行】医療機関の「遡及指定・法人化」新ルール解説！経営空白を作らないための変更点

2026.08.09

令和8年6月5日、厚生労働省保険局医療課より「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて」（保医発0605第2号）が発出されました（適用開始：原則令和8年9月1日）。

医療機関の法人化（個人から医療法人への移行）、事業承継、移転などの際、患者様への診療を途切れさせず、診療報酬の請求空白期間を作らないために不可欠なのが「遡及指定（そきゅうしてい）」の手続きです。

今回の改定では、これまで地方厚生（支）局ごとにばらつきがあった手続きが整理され、「全国統一の新様式」や「具体的な事前相談の提出期限」が導入されました。

今回は、「従来の手続きや提出書類と何が違うのか？」という実務上の差分を中心に、分かりやすく解説します。

新ルールでは、遡及指定の手続きが以下の3つのパターンに分類され、要件や提出書類が明確に整理されました。

【新ルール】保険医療機関等の遡及指定手続パターン別比較表

注: 地域厚生局や都道府県の運用ルールにより細部が異なる場合があります。具体的な手続きは所轄の厚生局へご確認ください。

従来の手続きと今回の新通知を比較すると、大きく分けて3つの変更点（書類・実務の差）があります。

従来： 地方厚生局ごとに「遡及指定を希望する申出書」や独自の「理由書」を作成し、添付書類も局ごとに異なっていました。
新ルール： 全国統一様式である「別紙１」が新設されました。以下の要件にチェックを入れて提出することで、客観的に基準を満たしているか判定されます。
- 診療録（カルテ）・調剤録の引き継ぎ、および患者からの問い合わせ対応体制
- 管理者が同一であること（個人から法人への変更時等の例外を除く）
- 職員（医師・薬剤師）の雇用維持要件：
  - 全体の概ね8割以上の医師・薬剤師が引き続き雇用されること
  - 常勤医師・薬剤師の概ね5割以上が引き続き常勤として雇用されること

従来： 2kmを超える移転や、移転と法人化を同時に行うようなケースでは、事前相談の時期が明確になっておらず、「開設希望月の前月〇日までに相談」など地域ごとに異なる手探りの運用がなされていました。
新ルール： 慎重な審査が必要なケースについて、遡及指定希望日の「原則3ヶ月前までに『別紙２（予定届出書）』を提出し、事前相談を行うこと」が明記されました。

移転や事業承継を検討している場合、自院がパターン②（2km以内・事前相談不要）とパターン③（2km超・3ヶ月前提出）のどちらに該当するかを初期段階で判定する必要があります。パターン③の場合、指定希望日の少なくとも4〜5ヶ月前から準備を開始しないと間に合わないリスクが生じます。

法人化や移転のタイミングでスタッフや勤務医の大幅な入れ替え・退職が発生する場合、パターン②の要件（常勤5割・全体8割維持）から外れ、パターン③（事前協議・詳細審査）に回される可能性があります。承継・移転時の人員計画は慎重に行う必要があります。

※遡及指定と施設基準の引き継ぎはセットです。当法人では、指定申請だけでなく、新医療機関での施設基準の算定が空白なく、意図した日付から開始できるよう、同時並行で手続を設計します。

今回の通知により、保険医療機関の遡及指定手続は透明性が高まった一方、「3ヶ月前の予定届出」や「全国標準様式（別紙1・別紙2）による厳格な要件チェック」など、計画的なスケジュール管理がより一層求められるようになります。

このようにお悩みの理事長様・院長様は、ぜひ医療専門の当行政書士法人にご相談ください。

当事務所では、都道府県の保健所手続き（開設許可・届出）から地方厚生局への指定申請・遡及指定・施設基準の届出まで、当法人がトータルでサポートいたします。

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