【2026年9月から新基準】クリニック承継の「遡及指定」はどう変わった？法人から法人への承継は要注意
こんにちは。プライマリ行政書士法人です。
クリニックを承継（M&A・親子間承継・法人化など）するときに見落とされやすいのが、保険医療機関の「遡及指定」です。
2026年6月5日に厚生労働省から新しい通知が出され、2026年9月1日から遡及指定の取扱いが全国統一の基準に変わりました。本記事では、手続き上とくに大切なポイントだけを抜き出して、シンプルに解説します。
この記事のポイント
- 承継で開設者が変わると、数日から1か月以上、保険診療ができない期間が生じるおそれがある
- 2026年9月1日から、遡及指定の判断基準が全国統一に
- A法人からB法人への承継は簡易手続きの対象外。3か月前までの予定届出と事前相談が必要
- 医療法人の承継では、保健所・都道府県の手続きを含めて半年以上前からの準備が必要
1. 遡及指定とは｜承継時の「保険診療の空白」を防ぐ制度
開設者が変わると、法律上は「旧クリニックの廃止」と「新クリニックの開設」という扱いになります。保険医療機関の指定も、新しく取り直さなければなりません。
保険医療機関の指定日は、原則として申請した翌月の1日です。実務上は、申請の締め切りが前月の中旬から下旬に設けられていることが多く、締め切りに間に合ったかどうかで指定日が決まります。
【ここが危険】何もしなければ、新クリニックの開設日から指定日までの間は保険診療ができません。この空白期間は短くても数日、申請の時期によっては1か月以上になるリスクがあります。
たとえば月の半ばに開設し、その月の締め切りに間に合わなかった場合は、指定日が翌々月の1日になってしまいます。保険診療が中心のクリニックにとって、この期間の診療報酬を算定できないことは経営に直結します。
これを防ぐのが「遡及指定」です。一定の要件を満たし、地方社会保険医療協議会で認められれば、旧クリニックの廃止日と同じ日（または翌日）にさかのぼって指定を受け、その日から診療報酬を算定できます。
2. 手続きは3パターン｜承継の形によって必要な準備が大きく変わる
今回の通知では、遡及指定の手続きが次の3つに整理されました。
| パターン | 主な対象 | 厚生局への事前の予定届出 |
|---|---|---|
| ① 開設者の死亡等 | 個人開設のクリニックで、開設者の死亡・病気などにより、血族や勤務医が急きょ引き継ぐ場合 | 不要（緊急手続き） |
| ② 至近の距離への移転・一定の開設者変更 | 2km以内の移転（開設者は同じ）、または限定された開設者変更（3章参照） | 不要 |
| ③ その他 | ①②に当てはまらないすべてのケース（法人から法人への承継を含む） | 希望日の3か月前までに必要 |
3. 【要注意】A法人からB法人への承継は簡易手続き（②）の対象外
②に該当する開設者変更は、次の3つだけ
②の「開設者のみの変更」として扱われるのは、所在地が変わらず、次のいずれかに当てはまる場合に限られます。
| 承継の形 | ②に該当？ |
|---|---|
| 個人開設 → 血族や、勤務している保険医などの個人 | ○ 該当 |
| 個人開設 → その個人が理事長を務める法人（いわゆる法人化） | ○ 該当 |
| 法人開設 → その法人の理事長個人 | ○ 該当 |
| A法人開設 → B法人（法人間の承継・M&A） | × 該当しない（③へ） |
| 個人開設 → 血縁・勤務関係のない第三者の個人 | × 該当しない（③へ） |
つまり、「A法人のクリニックをB法人が引き継ぐ」という法人間の承継は、②に当てはまりません。こうしたケースは③「その他」として扱われ、手続きのハードルが一段上がります。
③に該当すると「3か月前の予定届出」が必要
- 遡及指定を希望する日の3か月前までに、地方厚生（支）局へ予定届出書を提出し、事前相談を行う必要があります。
- M&Aの場合は、契約やクロージング日を決める前に、この「3か月前」を逆算してスケジュールを組むことが大切です。
「3か月前」は厚生局の話｜全体のスケジュールは半年以上前から
注意したいのは、「3か月前の予定届出」は厚生局（保険医療機関の指定）の手続きだけの期限だという点です。医療法人が承継する場合は、厚生局の指定より前に、都道府県・保健所での手続きを済ませておく必要があります。
| 時期の目安 | 主な手続き | 窓口 |
|---|---|---|
| 半年以上前 | 承継スキームの検討、関係窓口への事前相談 | 保健所・都道府県・厚生局 |
| 数か月前〜 | 定款変更の認可（新たに診療所を開設するため、医療法人の定款に追加する手続き） | 都道府県 |
| 3か月前まで | 遡及指定の予定届出・事前相談 | 地方厚生（支）局 |
| 開設前〜開設時 | 診療所の開設許可・開設届、旧クリニックの廃止届 | 保健所 |
| 開設後すみやかに | 保険医療機関の指定申請、施設基準の届出 | 地方厚生（支）局 |
定款変更の認可や開設許可などは、事前相談から完了まで数か月から半年程度かかることも珍しくありません。承継日から逆算すると、厚生局への予定届出よりもかなり前から準備を始める必要があるということです。
また、承継先が「外来医師過多区域」にある場合は、改正医療法に基づく開設6か月前までの事前届出の対象となる可能性もあります。詳しくは関連記事をご覧ください。（※関連記事リンクhttps://primary-office.com/2026/10/20/445/）
4. ③の判断基準｜1つでも満たさなければ遡及指定は原則不可
③では、次の基準を満たさないと原則として遡及指定は認められません（例外的な事例は厚生局が個別に判断します）。
| 項目 | 主な基準（無床診療所の場合） |
|---|---|
| カルテの引継ぎ | 診療録を引き継ぎ、旧クリニックの患者からの問い合わせにも新クリニックで対応すること |
| 患者の引継ぎ | 旧クリニックの外来・在宅患者の診療を、新クリニックで続けること |
| 標榜診療科 | 旧クリニックの主な標榜診療科を、すべて引き続き標榜すること |
| 医師の引継ぎ | 旧クリニックの常勤医師のおおむね5割以上（または常勤換算で5割以上）が、新クリニックで引き続き診療すること |
| 移転する場合の距離 | 「同じ市区町村内」または「同じ都道府県内で直線6km以内」 |
【実務の落とし穴】医師の引継ぎ
承継に合わせて前院長が退任すると、5割の基準を満たせないことがあります。また、管理者（院長）が交代する場合は、ほかの職員の引継ぎ状況なども含めて「特に慎重に判断する」とされています。
なお、②に該当する場合でも、管理者が変わらないこと、医師のおおむね8割以上を引き続き雇用すること（開設者のみの変更では、原則として開設者以外の全職員の雇用継続）などの要件があります。
5. 施設基準は期日までに再届出｜遅れると算定できない期間が発生
遡及指定が認められた場合でも、施設基準は新クリニックとして改めて届出が必要です。旧クリニックで届け出ていた施設基準は、厚生局が定める期日までに届け出れば、遡及指定日から引き続き算定できます。期限を過ぎると、その間は算定できなくなるおそれがあります。
6. 詳しい条件・様式は厚生局のページで確認を
各手続きの提出期限や必要書類の細かい点は、地方厚生（支）局ごとに定められています。関東信越エリアの方は、以下のページで最新の様式と要件をご確認ください。
※保険医療機関の指定とは別に、保健所への廃止届・開設届など、医療法上の手続きも必要です。
まとめ｜クリニック承継は「半年以上前」から逆算を
- 承継で開設者が変わると、数日から1か月以上、保険診療ができない期間が生じるリスクがあり、これを防ぐには遡及指定が必要です。
- 2026年9月1日から、遡及指定の判断基準が全国で統一されました。
- 法人から法人への承継は簡易な手続き（②）の対象外で、3か月前までの予定届出と事前相談が必要です。
- 医療法人の承継では、定款変更の認可や開設許可など、保健所・都道府県の手続きがさらに前から必要です。全体のスケジュールは半年以上前から組むのがおすすめです。
- 医師の引継ぎ（常勤医師の5割以上）など、承継の条件そのものに関わる基準があります。
クリニック承継の手続きは、プライマリ行政書士法人にご相談ください
当法人では、クリニック承継時の保健所・厚生局への手続きはもちろん、遡及指定を見据えたスケジュールづくりや事前相談のサポートまで一貫して支援しております。
「この承継で遡及指定は受けられるのか？」「いつまでに何を出せばいいのか？」とお悩みの先生は、ぜひお早めにご相談ください。
